Ο καθηγητής Τσαρλς Φράνσις Ξαβιέ, είναι μεταλλαγμένος και έχει τη μοναδική ικανότητα να μπορεί να διαβάζει την ανθρώπινη σκέψη. Ξέρει πως υπάρχουν και άλλοι μεταλλαγμένοι με πολλές και διαφορετικές δυνάμεις. Ιδρύει μια σχολή που την ονομάζει «Σχολή για Χαρισματικούς Νέους», τους οποίους αναζητεί για να τους εκπαιδεύσει πως να χρησιμοποιούν τις υπερφυσικές δυνάμεις τους έτσι ώστε να επικρατήσει το καλό. Ο Μαγκνέτο, αντίπαλος του καθηγητή Χαβιέ, αναζητά και εκείνος απεγνωσμένα τους μεταλλαγμένους αλλά για κακόβουλους σκοπούς. Το μεγάλο του όραμα είναι να δημιουργήσει έναν στρατό μεταλλαγμένων που θα κηρύξουν τον πόλεμο σε όσους δεν συνταχθούν μαζί τους. Η αιώνια μάχη καλού εναντίον κακού, ξεκινά πάλι αλλά με μια πολύ ενδιαφέρουσα και διαφορετική κόντρα...