Η ιστορία διαδραματίζεται σε έναν κόσμο μετά από μια μεγάλη οικολογική καταστροφή που έχει καταστρέψει την πλειονότητα του κόσμου και έχει δημιουργήσει ένα μολυσμένο δάσος γεμάτο από δηλητηριώδη φυτά και επικίνδυνα έντομα. Στο κέντρο αυτής της ιστορίας βρίσκεται η Ναυσικά, μια γενναία και σοφή πριγκίπισσα της Κοιλάδας των Ανέμων. Η Ναυσικά έχει τη μοναδική ικανότητα να κατανοεί τη φύση και τα πλάσματα του μολυσμένου δάσους, και προσπαθεί να βρει μια ισορροπία μεταξύ του ανθρώπινου κόσμου και της φύσης. Αντιμετωπίζει μεγάλες προκλήσεις όταν διάφορα βασίλεια και στρατιωτικές δυνάμεις προσπαθούν να καταστρέψουν το δάσος για να εξασφαλίσουν την επιβίωση τους, αγνοώντας τις συνέπειες των πράξεών τους. Στην πορεία της, η Ναυσικά ανακαλύπτει τα μυστικά της καταστροφής και της αναγέννησης της φύσης, και κάνει τα πάντα για να αποτρέψει έναν παγκόσμιο πόλεμο.