Μετά τα γεγονότα της ταινίας G.I. Joe, οι Κόμπρα έχουν αποδιοργανωθεί, με αρκετούς να εγκαταλείπουν την ομάδα. Η Βαρώνη επαναφέρει τον Κόμπρα Κομάντερ σε ανθρώπινη μορφή, ξεκινώντας μια νέα απειλή για την νέα γενιά G.I. Joe, με αρχηγό τον Στρατηγό Σλώτερ και τον Χωκ.