Η τελευταία προσπάθεια του Σκρατ να θάψει το βελανίδι του, καταλήγει στο κέντρο της Γης, προκαλώντας σεισμική δραστηριότητα τέτοιου μεγέθους, λες και η Μητέρα Φύση αποφάσισε να ανακαινίσει ολόκληρο τον πλανήτη. Η κίνηση των ηπείρων ωθεί τον Μάνι, τον Σιντ και τον Ντιέγκο στη θάλασσα, χωρίζοντάς τους από την υπόλοιπη παρέα. Ο Μάνι υπόσχεται στην Έλι ότι θα γυρίσει πίσω, αλλά δεν γνωρίζει πώς θα το καταφέρει. Χρησιμοποιώντας το παγόβουνό τους ως προχειροφτιαγμένο καράβι, το τρίο ξεκινά μια επική θαλάσσια περιπέτεια, που θα τους οδηγήσει σε ηρωικές πράξεις, πέρα από κάθε προηγούμενο. Στο μεγάλο αυτό ταξίδι της επιστροφής, έρχονται αντιμέτωποι με εξωτικά θαλάσσια πλάσματα, πειρατές και ανακαλύπτουν έναν νέο κόσμο. Όσο για τον Σκρατ, αυτή τη φορά, κυνηγάει το βελανίδι του σε μέρη που κανένας προϊστορικός σκίουρος δεν έχει βρεθεί ποτέ.