Ο επιστήμονας θείος του Σάγκι Ρόμπερτς εξαφανίζεται και ορίζει τον ίδιο ως μοναδικό κληρονόμο της αμύθητης περιουσίας του. Εκείνος χρησιμοποιεί τα χρήματα για να δημιουργήσει τη Μυστηριώδη Μηχανή, μια ξεχωριστή αλλά και επικίνδυνη εφεύρεση. Ο Σκούμπι Ντου και ο Σάγκι έχουν μία αποστολή: να εμποδίσουν τον μονόχειρα πειρατή της τεχνολογίας να αποκτήσει τα πιο εξελιγμένα όπλα, όπως η φόρμουλα που συρρικνώνει. Το αχτύπητο δίδυμο, συντροφιά με το πιστό ρομπότ Ρόμπι και τα νέα, χορταστικά Σκούμπι Σνακς, θα σώσει τον πλανήτη για μια ακόμη φορά, προσπαθώντας παράλληλα να διελευκάνει το μυστήριο της εξαφάνισης του θείου Άλμπερτ ....